近期上海交通大学医学院附属瑞金医院、转化医学国家重大基础设施（上海）陈赛娟团队与上海市公共卫生临床中心范小红团队联合攻关经过初步分析后公布了上海近期奥密克戎主要亚型
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主要是BA.5.2、BF.7、XBB等5个奥密克戎亚系
该研究分析当前境内流行的奥密克戎亚型种类，重症危重症患者在感染者及住院患者中的比例，并用数学建模对疫情走向进行模拟预测。
上海样本包含30个奥密克戎亚型毒株
基于2022年秋冬期间上海公卫中心收治的患者中随机抽取的378例样本进行基因组测序，研究者获得369个高质量新冠病毒全基因组序列。分子进化树分析发现，这些病毒基因组中共包含全球共享所有流感数据倡议（GISAID）数据库里记录的30个奥密克戎亚型毒株，其中355个（95.95%）基因组序列集中在5个奥密克戎亚系，主要毒株包括已报道在北京和广州等地流行的BF.7和BA.5.2和近期欧美地区出现的BQ.1和XBB。
结合感染者的旅行史和感染接触史，证明：
有北京或广州疫情接触史者分别主要携带BF.7和BA.5.2亚株；
从海外入境上海的感染者主要携带BQ.1和XBB；
上海本地感染者中除了BA.5.2以外，还有多个奥密克戎亚株相对占比较高。
这些结果中尚未发现新的新冠病毒变异株。
年龄偏高者和男性患者发展为重症/危重症的风险显著增高
由于抗击新冠感染的任务已经转为防治重症为主，研究团队依据公开信息，对此波疫情截至2022年11月29日的重症/危重症患者数和感染者总数变化情况进行分析，发现重症/危重症人数随感染者人数增长而增加，比例达到0.035%。
根据一般规律，高危人群在入院2-3周后演变为重症危重症患者。因此，研究团队对2022年9月1日至2022年12月26日期间上海公卫中心收治的5706名有症状新冠病毒感染患者临床演变进行了分析。
经过综合医学观察和诊断
其中5533名患者表现为轻型和普通型（总占比96.97%）；
其余173名患者进展成重症/危重症（总占比3.03%），其中包括20名仅有新冠感染者（0.35%）和153名伴有因新冠感染而加重的基础疾病患者（总占比2.68%）。此外年龄偏高者（55-60岁以上，p<0.0001）和男性患者(p<0.0001)发展为重症/危重症的风险显著增高。
北京、广州、上海、重庆等城区
初步判断本轮疫情感染人数
将于元旦前后接近尾声
基于此前北京、广州、上海、重庆等地常规核酸检测的感染者数据，团队建立模拟感染者数量变化曲线的数学模型，对近期疫情发展趋势进行评估和预测，初步判断此轮奥密克戎疫情感染人数于2023年元旦前后在上述主要城市接近尾声。
然而，基于重庆市主城区和郊区数据的数学模拟分析，提示疫情峰值在郊区有所延后，且其感染峰值将在春运期间因疫情扩散加速而显著增强。对于四川、陕西、甘肃、青海等省，在不计省会城市人群疫情进展情况进行预测，估计在农村和中小城镇地区的感染峰值将于2023年1月中下旬出现，由于春运原因，这些峰值也可能提前到达。
以上分析结果提示，元旦之后到春节期间，新冠疫情将主要影响农村和中小城镇地区。值得特别关注的是，国内农村和中小城镇地区医疗资源相对匮乏，且有大量老年人和有基础疾病人群。因此，春运期间城市和农村人口流动性将极大影响疫情走向。
